保稅區企業出口貨物流程如下：

1.貨物到港 船公司換單

2.保稅區海關申報產品進境備案

3.港口提貨做動檢

4.上下車，產品進庫

5.倉庫拉提貨單供進口商一般貿易報關

6.海關申報。完稅

7.如需要商檢則多個報檢 和預約查驗

8.海關放行

9.倉儲物流公司系統做2放

10.客戶自提或者物流公司代運

注意：出口企業報關進入保稅區，如果屬于“保稅區倉儲轉”，但沒有將貨物銷售給境外單位、個人的不予辦理出口退稅，視同內銷征收增值稅。在日常企業實地核查中發現有個別出口企業雖是“保稅區倉儲轉”?有出口報關單，也有倉儲企業的出境貨物備案清單，但企業是將貨物銷售給保稅區內的倉儲企業（貨款是由倉儲企業支付的），不是銷售給境外單位和個人，只能是視同內銷征收增值稅。